Construido por Felipe de Urarte en 1731. Restaurado por Acitores, Organería y Arte S.L. en 2006.
Órgano de José García (hijo) 1793, reformado hacia 1883 por Modesto Carreto Restaurado en 2006 – 2007 por Taller de Organería Acitores. S.L.
Órgano de Salvador Pavón y Valdés, 1762-64 construido para la Colegiata del Salvador. Trasladado a los Santos Justo y Pastor y ampliado por el propio autor en 1771. Restaurado en 2006 – 2007 por Taller de Organería Acitores. S.L
Construido a mediados del siglo XVIII. Restaurado por Acitores, Organería y Arte S.L. en 2008.
Construido por José Otorel en 1866. Restaurado por Acitores, Organería y Arte S.L. en 2010.
Construido por Antonio Ruiz Martínez en 1788, reformado posiblemente por Bernardo Barona alrededor del 1902. Restauración parte instrumental: Taller de Organería Acitores, S. L. en 2011-12. No se ha llegado a restaurar la policromía del mueble.
Construido por José Marlasca, organero de Brihuega (Guadalajara) en 1894. Restauración en 1998. Deterioro por obras en la Iglesia en años posteriores. Restaurado por Taller de Organería Acitores S.L. en el año 2013.
Construido por Francisco de Solha en 1767. Restaurado por Acitores, Organería y Arte S.L. en 2015.
Construido por José Antonio de Souza en 1778, intervenido por Bayard Anatole Julian en 1872 y por João Sampaio e filhos en 1955. Restaurado por Consorcio Samthiago – Acitores en 2015 – 2016.
Órgano sinfónico realizado por el organero catalán Pablo Xuclá. 1928. Restaurado por Acitores, Organería y Arte S.L. en 2017.